Avril 1994, éclate au Rwanda une guerre civile et ethnique dont les principaux combats s étalent sur environ deux mois. Malgré la durée du conflit, tout près de 1 million de Rwandais payent de leur vie la chute du régime du président hutu Juvénal Habyarimana.
Le premier octobre 1990, avec l'appui de l'Ouganda, le Front Patriotique Rwandais, formé principalement de Tutsis, tente son premier mouvement d'envergure contre le président hutu Habyarimana, un militaire qui s'est emparé du pouvoir en 1973 à la suite d'un coup d'État. Après une guerre civile de trois ans, plusieurs milliers de morts et de déportés, un traité est signé à Arusha. Il prévoit le partage des pouvoirs civils et militaires avec les Tutsis du FPR. Malgré les pressions de l'ONU, le président cherche par tous les moyens à ralentir la réalisation des ententes contenues dans le traité. Les membres du FPR installés à Kigali le qualifient de terroriste et soutiennent qu'il impose ses candidats, Hutus, à la population.
Le 6 avril 1994, l'avion du président rwandais est abattu par un missile à son atterrissage, mettant le feux aux poudres d'un conflit qui sera sanglant, coûtant la vie au président Burundais.
Qui pouvait bien vouloir la peau de Juvénal Habyarimana? Deux pistes sont actuellement retenues afin de découvrir qui a commandité l'attentat. La première concerne l'akazu, un clan d extrémistes hutus, qui n'aurait pas accepté la signature, par un des leurs, d'un traité de paix avec une race ennemie. Ils auraient donc pu tuer le président, faire peser les soupçons sur les rebelles Tutsis, et en profiter pour régler le problème Tutsis. Cette hypothèse est d'ailleurs soutenue par la planification du génocide. D'autre part, un attentat de la part de rebelles Tutsis du FPR n'est pas à exclure ; puisqu'ils sont minoritaires un coup d'état aurait pu être un moyen pour retourner au pouvoir.
Dans l'heure qui suit, les Forces Armées Rwandaises, aidées des milices Interhamwe, formées d'extrémistes Hutus (Interhamwe signifie "ceux qui tuent ensemble"), érigent des barrages dans la capitale, afin de limiter les mouvements des opposants au régime.
Dès le lendemain, munis de listes, les hommes de la garde présidentielle sont les premiers à lancer la traque sanglante. L'élite modérée du pays et ceux qui ressemblent de près ou de loin à un Tutsi, l'ethnie minoritaire, sont ciblés. Des familles entières, dénoncées par des voisins ou par la police, sont massacrées. En plus des ministres du gouvernement, le premier ministre Agathe Uwilingiyimana, les membres de l'opposition parlementaire, ainsi que 10 casques bleus belges sont massacrés par le FAR. En riposte à ces meurtres, le Front Patriotique du Rwanda déclenche une révolte contre les forces au pouvoir. Les dirigeants restant ainsi que les dirigeants des FAR, composés de Hutus, décident de faire une épuration ethnique et de se débarrasser de tous les opposants au régime ; c'est-à-dire des Tutsis et des Hutus modérés.
Face à tant de violence, la plupart des 3000 Occidentaux, à l'exception de quelques coopérants et quelques diplomates, fuient la capitale. Les Européens partis, personne ne protège la minorité Tutsi, permettant au mouvement de génocide d'embraser tout le pays, rien n'est épargné : sanctuaires, orphelinats, églises et hôpitaux, tout y passe. C'est une épouvantable chasse à l'homme, partout des cadavres, le crâne éclaté à coups de machettes, gisent dans les rues.
Le 17 mai, voyant l'urgence de la situation, le conseil de sécurité de l'ONU autorise le déplacement vers le Rwanda de 5500 casques bleus devant intervenir sans utiliser la force.
Coup de maître du FPR, le 22 mai, il s'empare de l'aéroport de Kigali.
Le 23 juin, le conseil de sécurité de l'ONU autorise la mission Turquoise, votée la veille sur la proposition des Français malgré l'opposition du FPR. Cette opération, composée de casques bleus français arrivant du Zaïre, d'une durée de deux mois, est organisée dans le but de protéger les civils et de porter assistance aux forces en présence dans la distribution de l'aide humanitaire.
Le 4 juin, le Front Patriotique Rwandais marche dans Kigali, forçant l'armée rwandaise, FAR, à refluer vers l'ouest et le sud ouest, en direction du Zaïre. Dans les jours qui suivent, les Hutus, poussés par les rebelles des FAR, s'exilent vers Goma au Zaïre, où ils sont accueillis dans des camps qui seront dirigés par les cadres du génocide, qui continueront de faire régner l'ancien régime.
Le 14 juillet, le FPR gagne la guerre et, dès le lendemain, les États-Unis ne reconnaissent plus l'ancien gouvernement rwandais.
Le 17, les soldats du FPR s'emparent de Gisenyi, la dernière ville aux mains des Forces Armées Rwandaises, marquant ainsi la fin d'un génocide qui causa la mort d'un million de personnes. Dans la même journée, le pasteur Bizimungu est nommé président de la république du Rwanda, où un gouvernement d'union nationale est formé, composé de Tutsis et de Hutus. Pendant ce temps, la vie des réfugiés Hutus au Zaïre se fait plus dure, le choléra s'y déclarant.
Vers la fin juillet, l'ONU forme une commission d'enquête dans le but de retrouver les responsables du génocide, puis des militaires américains arrivent à Kigali pour venir en aide au nouveau gouvernement.
Peu avant la fin de l'opération Turquoise, on déploie la Minuar II dans la zone de sécurité. À la fin de l'opération Turquoise, on envoie 500 soldats au Zaïre afin de venir en aide au réfugiés hutus.
Ces derniers revinrent au Rwanda en 1996 lorsque les leader du génocide durent s'enfuir, en se camouflant parmi eux, car ils étaient chassé par les Tutsis qui les percevaient comme une menace.